La dydrogestérone est le dérivé isomère de la progestérone par le passage de la fonction méthyl (CH3-) liée au carbone (C10) de la position bêta (devant l'écran) à la position alpha (derrière l'écran) et l'atome d'hydrogène lié au carbone (C9) de la position alpha à la position bêta, et enfin la présence une double liaison (C6=C7).